Тело отыскали в кабинете командира части, . По факту трагедии военное по ракетным войскам стратегического назначения () возбудило уголовное дело по ст. 110 УК РФ «Доведение до самоубийства». В свидетельстве о смерти сказано, что к этому привела «асфиксия» из-за «преднамеренного самоповреждения путем повешения». Родственники настаивают, что Сафонов был «жизнерадостным молодым человеком, неспособным на [Роскомнадзор]». Сергей Сафонов был одним из 10-ти детей в многодетной семье погибшего в 2011 г. православного первосвященника. По утверждению родных, Сергей был «жизнерадостным молодым человеком, неспособным на самоубийство».
Когда мертвого бойца привезли в морг, чтобы подготовить к похоронам, выяснилось, что лицо было загримировано — под гримом обнаружили синяки, на грудной клетке зафиксировали гематомы, а на руках — ссадины. Когда сотрудники морга его протерли, собравшиеся увидели на нем синяки.
Независимый судмедэксперт провел исследование тела погибшего и нашел на лице Сергея, под гримом, травмы, характерные для борьбы. В Следственном совете сказали, что юноша покончил с собой. После инцидента рядовой был схвачен и арестован по делу об убийстве (статья 105 УК РФ). «Весной этого года он сам пошел в армию, в ней отслужили его отец и брат», — поведала «Ъ» мать погибшего Лариса Сафонова.
Мать бойца Лариса Сафонова сказала «Коммерсанту», что незадолго до смерти сын признался ей в издевательствах со стороны сослуживцев. На вопрос, но не бьют ли его в казарме, сын соврал, что ударился об стол. Командир части не прокомментировал данную ситуацию.
Невеста Сафонова поведала, что говорила с ним по телефону за пару часов до его смерти. Однако позже я уже не смогла ему дозвониться.
Мертвого обнаружили поздно вечером 16 октября. Затем командир предложил ему переночевать в кабинете, чтобы избежать потасовки с сослуживцами, в скором времени бойца отыскали там мёртвым.
Факт смерти Сафонова в войсковой части стал известен после того, как в Забайкальском крае рядовой Рамиль Шамсутдинов восьмерых сослуживцев.
