Известнейшие — «Гамлет», «Макбет», «Отелло», «Фауст», «Идиот», опера Николая Римского-Корсакова «Сказание о невидимом граде
Кинорежиссер установил около 50 спектаклей. В давно минувшем 1998-ом в Вильнюсе организовал театральную студию Meno fortas и был ее художественным управляющим.
В 1992—1998 годах был кинорежиссером интернационального театрального фестиваля LIFE, в рамках которого установил спектакли «Моцарт и Сальери», «Дон Жуан», «Пир во время чумы» Пушкина, «Три сестры» Чехова, «Гамлет» Шекспира. 1978-1979 работал В Каунасском драматическом театре, в 1979—1991 гг. в
В последнее время Някрошюса увлекала опера. Снимался в кино («Полёт через
Президент Литвы Даля Грибаускайте выразила сожаления родственникам и близким кинорежиссера.
Спикер сейма Викторас Пранцкетис заявляет, что кинорежиссер «подарил Литве нереально величественные произведения, спектакли, смотреть которые было честью и престижем».