После окончания школы он поступил во ВГИК, но в скором времени был призван в армию.
В 1939-ом поступил во ВГИК.
Отдать долг родной стране ему было не суждено. Во время службы Натансон заболел двухсторонним воспалением легких.
Георгия Натансона вместе с матерью и иными родственниками эвакуировали в Алма-Ату. В этот период в Алма-Ате, куда была также эвакуирована киностудия «Мосфильм», Натансон начал работать помощником кинорежиссера. Потом он стал вторым кинорежиссером у Ивана Пырьева («В 6 часов вечера после войны»), Александра Птушко («Садко») и Андрея Тарковского («Иваново детство»). На момент смерти создателю известной советской картины «Еще раз про любовь» было 96 лет.
В 1970-е годы работал и как театральный кинорежиссер.
Среди его собственных режиссерских работ — «Старшая сестра», «Еще раз про любовь», «Посол Советского Союза», «Валентин и Валентина», «Все остается людям» и многие другие. В 2009 г. был снят документальный фильм «Да здравствует королева, виват!» об артистке Татьяне Дорониной.
В 1956-ом году Георгий Натансон вместе с Сергеем Образцовым установил мультипликационный фильм «Небесное создание», который был интернационального кинофестиваля детских и юношеских в Венеции.
